분자역학 애플리케이션은 엔비디아 GPU의 고도 병렬구조에 적용이 매우 용이하다. NAMD와 HOOMD와 같은 분자역학 소프트웨어 패키지와 VMD 관련 연구내용은 아래 표에서 확인할 수 있다.

VMD의 이온 배치 스톤, 필립스, 하디, 슐텐	하나의 NVIDIA GPU에 장착된 HOOMD는 LAMMPS를 사용하는16개의 CPU 코어의 성능을 능가합니다 앤더슨, 로렌츠, 트레브셋

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CUDA를 위한 분자역학 소프트웨어 다운로드

• VMD에서의 GPU 가속 알아보기
• NAMD / VMD
• HOOMD: 고도로 최적화된 목적 중심의 분자 역학
• MDGPU
• GPUGrid.net
• • GPU에서 빠른 분자 역학 작업을 지원하는 OpenMM 라이브러리
• • OpenMM을 이용한 GROMACS
• ACEMD Bio-molecular dynamics package
• AMBER (예정) – OpenMM을 이용한 문서 참조
• BigDFT : DFT (Density functional theory) electronic structure code - Paper PDF
• LAMMPS GPU 포트

CUDA에 관한 분자 역학에 대한 기술보고서

• NAMD를 위한 슈퍼컴퓨팅 ’08 중 CUDA 튜토리얼 그리고 VMD
• NAMD와 VMD 출판물
• GPU 하드웨어에서 부드러운 PME (Particle-Mesh Ewald) 방법론 구현
• GPU에서 AMBER 분자 역학 시뮬레이션 가속화
• HOOMD
• 형광 현미경술
• MD 시뮬레이션을 위한 그래픽 능력의 배양
• @home 폴딩 (GROMACS의 운용)
• 애스캘라프 유체 MD

CUDA 가속 특화 솔루션

• 계산 화학
• 의학 이미징
• 바이오인포매틱스 및 생명 과학
• MATLAB 가속화

참고자료

• Tesla/CUDA 성공 사례
• 기타 Tesla 특화 솔루션
• CUDA 소프트웨어 개발 도구 및 라이브러리