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당면과제
일리노이대학교 어바나샴페인캠퍼스(UIUC)의 NAMD(Nanoscale Molecular Dynamics: 나노 분자 역학) 및 VMD(Visual Molecular Dynamics: 비주얼 분자 역학)는 생체분자 프로세스의 시뮬레이션 및 비주얼라이제이션에 널리 사용되는 매우 강력한 툴입니다. 복잡한 분자 시스템 시뮬레이션에는 많은 시간이 소요되며 복잡한 대형 클러스터 컴퓨터가 필요합니다. | ||||
솔루션
UIUC 연구원들은 성능 향상을 위해 “cionize” 이온 배치 툴을 NVIDIA GPU 컴퓨팅 솔루션으로 전환했습니다. 목적은 생물학적 분자 및 이온의 상호작용을 이해를 위해 엄청난 양의 계산을 수행하는 커널의 속도를 크게 향상시키기 위한 것입니다. 이로 인해 UIUC 연구원들은 18개 CPU 클러스터 대비 100배의 시뮬레이션 속도 개선을 경험할 수 있었습니다. (전체 CPU 시간 vs. 전체 GPU 시간) 3개의 GPU를 탑재한 워크스테이션상에서 VMD 툴을 이용해 시간-평균 정전기학에 대한 계산을 수행할 경우 705 기가플롭의 성능을 얻을 수 있습니다. 이 놀라운 성능은 생명 과학 연구원들이 자신의 워크스테이션에서 컴퓨팅 클러스터의 성능을 경험할 수 있게 해 줍니다. | ||||
효과
GPU 컴퓨팅으로 인해 분자 시뮬레이션을 서버 룸의 클러스터에서만 실행해야 하는 번거로움을 피할 수 있습니다. 개별 연구실의 워크스테이션 및 데스크톱에서 시뮬레이션을 실행할 수 있으므로 부족한 컴퓨팅 자원을 사용하기 위해 다른 사람들과 경쟁할 필요가 없습니다. 순서를 기다리는 대신 자신이 원할 때 결과를 바로 확인할 수 있습니다. 또한 GPU를 대용량 서버 클러스터에 적용할 경우 몇 년전만 하더라도 상상할 수 없었던 새로운 문제들에 대한 해답을 얻을 수 있습니다. NAMD와 엔비디아의 협력은 가장 빠른 수퍼컴퓨터를 이용해 살아있는 세포의 아주 미세한 요소를 해석하는 것을 목적으로 하는 첨단 연구와 소프트웨어 개발의 결합이라고 할 수 있습니다. 이 새로운 컴퓨팅 툴은 신약 개발의 속도 및 생물학적 프로세스 개발을 위한 중요한 연구의 속도를 더욱 향상시키고 있습니다. 보다 자세한 정보를 위해서는 http://www.ks.uiuc.edu/를 방문하십시오. | ||||
